Terdapat perbedaan pelaksanaan UN 2018 dibandingkan tahun sebelumnya, salahsatunya adalah soal isian singkat yang ada pada mata pelajaran matematika SMA mapun sederajat. Selain daripada itu, sertifikat hasil ujian nasional (SHUN) menggunakan tanda tangan digital, serta pengeluaran berupa biaya untuk pengawas ujian dan proktor di tiap satuan pendidikan menggunakan anggaran yang dibebankan pada dana bantuan operasional sekolah (BOS).
