Namun, kebijakan ini telah menimbulkan kontroversi karena banyak penerima beasiswa LPDP yang memilih untuk tidak pulang ke Indonesia setelah menyelesaikan studi mereka di luar negeri. Mereka memilih untuk bekerja dan menetap di luar negeri, sehingga menimbulkan keraguan akan efektivitas program beasiswa ini dalam mendukung pengembangan sumber daya manusia Indonesia.
Menurut data yang dirilis oleh LPDP, tingkat kepulangan penerima beasiswa LPDP yang telah menyelesaikan studi mereka di luar negeri masih cukup rendah. Hal ini menimbulkan keprihatinan bagi pemerintah dan juga masyarakat Indonesia, karena uang yang telah dikeluarkan untuk mendukung studi para penerima beasiswa tersebut berasal dari dana negara.
Dalam menghadapi permasalahan ini, beberapa pihak, termasuk anggota Komisi X DPR RI Bonnie Triyana, menegaskan bahwa tindakan yang perlu diambil adalah menuntut kembalinya uang yang telah diterima oleh para penerima beasiswa jika mereka memilih untuk tidak pulang ke Tanah Air setelah menyelesaikan studi mereka di luar negeri. Alternatif lain yang diajukan adalah mengubah status beasiswa ini menjadi student loan, sehingga para penerima beasiswa harus mengembalikan uang yang telah diterima dengan cara mengangsur setelah mereka mulai bekerja di luar negeri.
