Pada tahun 1817, letnan 1 Pattimura keluar dari pasukan Belanda dan kembali ke kampung halamannya. Ia kemudian memimpin perlawanan terhadap penjajah Belanda dengan mengumpulkan pasukan dari berbagai suku di Maluku. Dalam perlawanannya, Pattimura berhasil merebut Benteng Duurstede di Saparua pada bulan Mei 1817. Hal ini membuat penjajah Belanda terkejut dan terpaksa mundur dari benteng tersebut.
Tak hanya itu, pada tahun 1817, Pattimura juga berhasil merebut Benteng Amsterdam di Kota Saparua. Kemenangan besar tersebut membuat Belanda menyadari bahwa perlawanan Pattimura bukanlah perlawanan kecil, melainkan perlawanan yang serius. Hal tersebut membuat Belanda kemudian mengirimkan pasukan besar-besaran untuk menekan perlawanan Pattimura.
Kisah peperangan antara pasukan Pattimura dan pasukan Belanda berlangsung sengit. Namun, pada akhirnya, Belanda berhasil mengalahkan pasukan Pattimura dan Pattimura sendiri ditangkap pada tahun 1818. Ia dihukum mati dengan cara digantung di lapangan Merdeka, Ambon, pada tanggal 16 Desember 1817, dan dijadikan contoh bagi pemberontak lainnya.