Meskipun prestasinya yang cemerlang, Newton juga dikenal karena perselisihannya dengan ilmuwan lain. Salah satu perselisihan paling terkenal adalah dengan Robert Hooke, yang berujung pada perselisihan bertahun-tahun terkait siapa yang benar-benar menemukan hubungan antara orbit elips dan hukum kuadrat terbalik. Perselisihan ini berlangsung hingga kematian Hooke pada tahun 1703. Selain itu, Newton juga terlibat dalam perselisihan dengan matematikawan Jerman, Gottfried Leibniz, terkait penemuan kalkulus. Perselisihan ini mengungkap sisi ketakutan Newton terhadap kritik, yang membuatnya menunda publikasi dari hasil karya briliannya. Meskipun begitu, kontribusinya tetap menjadi tonggak penting dalam perkembangan ilmu pengetahuan.