Struktur organisasi BPI Danantara juga menjadi perhatian utama dalam RUU BUMN. Organ BPI Danantara direncanakan memiliki Dewan Pengawas dan Badan Pelaksana. Dewan Pengawas BPI Danantara akan terdiri dari Menteri BUMN sebagai Ketua merangkap anggota, perwakilan dari Kementerian Keuangan sebagai anggota, dan pejabat negara atau pihak lain yang ditunjuk oleh Presiden sebagai anggota.
Selain itu, Badan Pelaksana BPI Danantara akan memiliki dua orang sebagai Kepala BPI Danantara dan Anggota Badan Pelaksana BPI Danantara, serta enam orang Direktur Eksekutif. Presiden Prabowo Subianto telah melantik Muliaman D. Hadad sebagai Kepala BPI Danantara di Istana Negara, Jakarta, Selasa (22/10/2024). Sementara posisi Wakil Kepala BPI Danantara diisi oleh Kaharuddin Djenod Daeng Manyambeang.
BPI Danantara memiliki enam tugas pokok, termasuk mengelola dividen holding investasi, holding operasional dan BUMN, menyetujui penambahan dan atau pengurangan penyertaan modal pada BUMN, menyetujui restrukturisasi BUMN termasuk penggabungan, peleburan, pengambilalihan, dan pemisahan, membentuk holding investasi, holding operasional, dan BUMN, menyetujui usulan hapus buku dan atau hapus tagih atas aset BUMN yang diusulkan oleh Holding Investasi, atau Holding Operasional, serta mengesahkan dan mengkonsultasikan kepada DPR atas rencana kerja dan anggaran perusahaan holding.
