Pelaksanaan WIA akan melibatkan seluruh kedeputian Kemenparekraf sesuai tugas dan fungsi masing-masing. Tahap awal dimulai dari Sub Bidang Destinasi, yang menjadi wajah utama pariwisata Indonesia. Ni Luh menjelaskan bahwa destinasi adalah tempat di mana wisatawan mendapatkan pengalaman yang akan menentukan kesan mereka dan memengaruhi keputusan untuk kembali atau tidak. Oleh karena itu, kualitas destinasi harus menjadi prioritas utama sebelum masuk ke kategori sub bidang lainnya.
Asisten Deputi Pemberdayaan Masyarakat Kemenparekraf, Florida Pardosi, menambahkan bahwa pendaftaran untuk “Wonderful Indonesia Awards Sub Bidang Destinasi” dapat dilakukan melalui platform Jadesta. Proses verifikasi awal dilakukan oleh dinas pariwisata kabupaten/kota, kemudian dinas pariwisata provinsi mengkurasi dan menetapkan 10 nominasi terbaik untuk diajukan ke tingkat nasional. Dari setiap provinsi, 10 usulan peserta akan diseleksi berdasarkan data primer dan nilai akumulasi tertinggi untuk menghasilkan 60 besar nasional. Tahap berikutnya adalah kurasi lanjutan yang akan menetapkan 30 destinasi terbaik yang berhak melaju ke babak final.