Jokowi berharap agar jiwa Paus Fransiskus diberi tempat yang layak di sisi Tuhan Yang Maha Esa, menyampaikannya dengan doa sederhana, "Amin." Pemandangan mengharukan terlihat ketika Jokowi hadir di pemakaman, didampingi oleh tiga utusan presiden lainnya yang juga ikut berdoa untuk orang yang sudah tiada. Mereka adalah Menteri Hak Asasi Manusia (HAM) Natalius Pigai, Wakil Menteri Keuangan Thomas Dwijandono, dan mantan Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral (ESDM) Ignasius Jonan.
Setelah pemakaman, utusan pemerintah Indonesia menyerahkan surat pribadi dari Presiden Prabowo Subianto kepada Wakil Duta Besar Tahta Suci Vatikan, Uskup Agung Piero Pioppo. Surat tersebut, yang ditulis Prabowo pada 24 April 2025, setelah menerima kabar duka mengenai wafatnya Paus pada 21 April, ditujukan kepada Dekan Dewan Kardinal Tahta Suci Vatikan, yaitu Giovanni Battista Re. Ignasius Jonan menegaskan bahwa tindakan ini dilakukan sesuai dengan protokol diplomatik, mencerminkan penghormatan dan perhatian yang tinggi dari pemerintah Indonesia.
Dalam isi surat yang ditulis dalam Bahasa Inggris, Prabowo mengekspresikan rasa dukanya yang dalam, dengan menyampaikan belasungkawa kepada Tahta Suci dan seluruh komunitas Katolik global. Walaupun Prabowo tidak bisa menghadiri pemakaman secara langsung, surat tersebut menjadi simbol penghargaan dan rasa hormat Indonesia kepada sosok yang sangat berpengaruh di dunia ini.
