Keselamatan pengguna transportasi publik juga menjadi prioritas Anies Baswedan. Ia meluncurkan berbagai program untuk meningkatkan keselamatan, termasuk pelatihan bagi pengemudi angkutan umum, pemasangan CCTV di kendaraan umum dan fasilitas publik, serta kampanye keselamatan jalan raya. Anies juga mendorong peningkatan standar keamanan pada infrastruktur transportasi, seperti perbaikan jalan dan jembatan, serta penambahan rambu lalu lintas yang lebih jelas dan mudah dipahami oleh pengguna jalan.