Anies juga memperkenalkan program Rehabilitasi Sungai untuk mengembalikan kualitas air sungai di Jakarta. Program ini melibatkan pembersihan sungai, revitalisasi ekosistem sungai, dan pengurangan pencemaran dari limbah domestik dan industri. Salah satu proyek unggulannya adalah Program Ciliwung Bersih, yang bertujuan untuk mengembalikan fungsi ekologis Sungai Ciliwung dan meningkatkan kualitas airnya.
Untuk mengurangi ketergantungan pada sumber air bawah tanah, Anies mendorong pengembangan sistem Rainwater Harvesting atau penampungan air hujan. Sistem ini memanfaatkan air hujan yang jatuh ke atap bangunan untuk digunakan kembali dalam keperluan non-potable seperti penyiraman taman dan toilet. Program ini diharapkan dapat mengurangi tekanan pada sistem penyediaan air bersih kota.
