Ahli gizi dari Institut Pertanian Bogor (IPB) Prof Ali Khomsan juga menyarankan agar tempe dimasak terlebih dahulu sebelum dikonsumsi, untuk mengurangi potensi cemaran mikroba yang mungkin terdapat pada tempe. Hal ini sejalan dengan pendapat dari pakar gizi Universitas Gajah Mada (UGM) Toto Sudargo yang menekankan bahwa bahan pangan sebaiknya diolah menjadi matang sebelum dikonsumsi, untuk meminimalisir potensi gangguan kesehatan yang disebabkan oleh mikroba di dalamnya.
Di sisi lain, pakar gizi dari Universitas Gajah Mada (UGM), Toto Sudargo, menjelaskan bahwa beberapa jenis bahan makanan memerlukan proses pengolahan sebelum dikonsumsi agar lebih mudah dicerna, aman, dan memiliki rasa yang enak. Tempe, sebagai salah satu bahan makanan tersebut, akan lebih mudah dicerna protein nabatinya setelah melalui pengolahan yang matang dan rasanya pun menjadi lebih enak ketika dimakan dalam kondisi matang.
Sri Anggrahini, seorang Guru Besar Fakultas Teknologi Pertanian (FTP) Universitas Gadjah Mada (UGM), menyatakan bahwa jamur pada tempe mentah tidak berbahaya dan aman untuk dikonsumsi, karena jamur yang tumbuh tidak memproduksi toksin. Namun, dia memperingatkan agar tempe bongkrek, jenis tempe tertentu, tidak dikonsumsi mentah karena bisa beracun.
