Setelah bumbu halus, campurkan bumbu dengan ikan yang telah dibersihkan. Aduk rata dan pastikan seluruh bagian ikan terlapisi oleh bumbu. Proses marinasi ini sangat penting, karena semakin lama ikan direndam dalam bumbu, semakin kuat rasa yang akan dihasilkan. Biarkan ikan dalam bumbu selama minimal 30 menit, atau jika Anda memiliki waktu lebih, bisa diamkan selama beberapa jam di dalam kulkas.
Setelah ikan cukup dibumbui, ambil daun pisang yang telah dibersihkan. Potong sesuai ukuran ikan agar lebih mudah dibungkus. Letakkan selembar daun pisang kemudian taruh ikan yang telah dibumbui di atasnya, lalu tambahkan beberapa irisan tomat, daun kemangi, atau sayuran lainnya sebagai pelengkap. Lipat daun pisang hingga menutupi ikan dan sematkan dengan lidi atau tusuk gigi agar tidak terbuka saat dimasak.
Pilihlah cara memasak yang Anda sukai. Anda bisa mengukus atau membakar ikan pepes. Jika ingin menggunakan cara mengukus, letakkan paket pepes ke dalam kukusan yang telah dipanaskan sebelumnya dan masak selama kurang lebih 30-45 menit. Pastikan uap panas dapat merata agar ikan matang sempurna. Jika ingin membakar, siapkan bara api dan bakar ikan pepes selama 20-30 menit sambil sesekali dibolak-balik agar tidak gosong.
