Selain menimbulkan kutil pada kulit di tangan, kaki, muka, bagian genital, anal, leher rahim, HPV terutama tipe 6 dan 11 dapat menyebabkan kondisi yang jarang ditemui dan dikenal sebagai respiratory papillomatosis. Bila saluran pernapasan terkena infeksi HPV, akan muncul kutil di bagian larink, juga saluran napas. Kutil ini bisa muncul lagi berulang kali, butuh operasi berkali-kali, dan bakal memengaruhi pernapasan serta memunculkan kanker. Dalam kasus yang sangat jarang, menyebabkan terjadinya cutaneous horn atau menebalnya jaringan kutan (kuku) akibat over produksi keratin oleh sel kulit. Keadaan ini memicu munculnya tumor.
