Namun, keputusan ini tidak lepas dari kontroversi. Sebagian masyarakat mengkhawatirkan bahwa Indonesia dijadikan 'kelinci percobaan' oleh pihak asing. Menanggapi hal ini, Kementerian Kesehatan menegaskan bahwa uji klinis dilakukan sesuai dengan standar internasional dan etika penelitian yang ketat Tempo. Selain itu, Prof. Dr. Erlina Burhan dari Universitas Indonesia menyatakan bahwa partisipasi Indonesia dalam uji klinis ini menunjukkan pengakuan terhadap kapasitas penelitian dalam negeri.
Bill Gates sendiri menyatakan bahwa negara-negara maju kurang memberikan perhatian terhadap pengembangan vaksin TBC karena rendahnya kasus di negara mereka. Oleh karena itu, negara-negara dengan beban penyakit tinggi seperti Indonesia menjadi fokus utama dalam pengembangan dan uji coba vaksin ini.
Partisipasi Indonesia dalam uji klinis vaksin M72/AS01E membawa harapan besar dalam upaya penanggulangan TBC. Jika berhasil, vaksin ini dapat menjadi terobosan pertama dalam pengembangan vaksin TBC dalam lebih dari satu abad, menggantikan vaksin BCG yang telah digunakan sejak lama. Namun, penting bagi pemerintah dan pihak terkait untuk memastikan bahwa semua proses dilakukan dengan transparansi, etika, dan mengutamakan keselamatan partisipan.