Bakteri coliform, ditemukan di kotoran manusia dan hewan, adalah kuman yang paling sering ditemukan. Umumnya bakteri coliform tidak menyebabkan penyakit. Tapi mereka sering menunjukkan adanya kontaminan lain yang dapat menyebabkan penyakit, menurut Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit A.S..
Kontaminan lain yang ditemukan dalam sistem air termasuk virus dan parasit cryptosporidium dan Giardia lamblia, studi tersebut melaporkan.
Penyakit mikroba air sering menyebabkan kram perut, mual atau muntah, diare dan, jika cukup parah, dehidrasi, kata CDC.
Kualitas air juga tercemar oleh kontaminasi kimia, seiring dengan kelebihan arsen, timbal dan tembaga.