Keterlibatan organisasi internasional dalam menyusun dan memfasilitasi FTA juga menambah lapisan kompleksitas di arena politik dagang. Organisasi seperti WTO memiliki peran penting dalam menetapkan standar perdagangan global, tetapi sering kali mempertanyakan keuntungan yang diperoleh oleh anggota yang lebih lemah. Ketidakadilan dalam pembagian manfaat ini menciptakan ketidakpuasan yang dapat memicu ketegangan politik baik di dalam negeri maupun di tingkat internasional.
Dengan demikian, meskipun FTA menawarkan peluang menarik untuk ekspor dan meningkatkan pertumbuhan ekonomi, tidak semua pihak dapat meraih keuntungan yang sama. Dalam banyak kasus, strategi ekonomi yang diterapkan dalam FTA harus dipertimbangkan dengan hati-hati untuk memastikan bahwa keuntungan bisa dirasakan secara lebih merata di seluruh lapisan masyarakat dan tidak hanya menguntungkan sebagian kecil pemain yang sudah mapan dalam ekonomi global.
