Selain masalah pembiayaan, pembangunan KCJB Whoosh juga mengalami pembengkakan biaya yang signifikan. Berdasarkan review dari Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP), terjadi pembengkakan biaya sebesar US$1,449 miliar atau Rp21,74 triliun. Hal ini menimbulkan dampak finansial yang besar bagi para pihak yang terlibat dalam proyek ini, termasuk BUMN Indonesia, termasuk Wijaya Karya, yang melaporkan kerugian hingga Rp7,12 triliun sepanjang tahun 2023.
Selain itu, proyek ini juga mengalami penundaan dalam operasionalnya. Meskipun awalnya ditargetkan untuk beroperasi pada 2019, kereta cepat baru dapat dioperasikan pada Oktober 2023. Hal ini menunjukkan bahwa target beroperasi mundur, yang dapat berdampak pada keuangan dan reputasi perusahaan terkait.
Selain proyek KCJB Whoosh, proyek MRT Jakarta juga menghadapi berbagai masalah yang berdampak pada keuangan dan reputasi perusahaan terkait. Permasalahan ini menunjukkan bahwa selama ini, masih banyak hal yang perlu diperbaiki dalam pengelolaan proyek-proyek infrastruktur di Indonesia, terutama dalam hal perencanaan, pembiayaan, dan pengawasan.
