Analisis Kotak Hitam dan Dugaan Kebakaran
Setelah diperbaiki, data dari flight data recorder mengungkap adanya asap yang terdeteksi di toilet dan kompartemen avionik bawah kokpit beberapa menit sebelum pesawat hilang. Alarm kebakaran juga sempat aktif, sementara cockpit voice recorder merekam percakapan kru yang panik membahas asap dan mencoba mengatasi situasi darurat, meski penyebab pasti asap ini tetap tidak jelas.
Beberapa analis menduga bahwa kebakaran listrik atau korsleting di bagian depan pesawat menjadi pemicu kecelakaan ini.
Kontroversi Dugaan Sabotase dan Terorisme
Pada akhir 2016, pemerintah Mesir menyatakan bahwa ada jejak bahan peledak di beberapa jenazah penumpang dan menyimpulkan insiden ini sebagai aksi terorisme. Namun, Biro Investigasi dan Analisis Keselamatan Penerbangan Sipil Prancis (BEA) tidak sependapat dan menilai bukti tersebut kurang kuat. BEA lebih menyoroti kemungkinan kegagalan teknis dan kebakaran internal sebagai penyebab kecelakaan.
Perbedaan pandangan ini menambah kompleksitas dan kontroversi dalam investigasi yang hingga kini belum memberikan kesimpulan final.