Sutradara Daryl Wilson menuturkan bahwa sejak kecil ia selalu terpikat dengan animasi yang mampu menghadirkan dunia fantasi namun tetap terasa nyata. “Ada rasa riil yang membuat kita percaya pada dunia itu, meski tidak ada di kenyataan. Kami ingin membawa sensasi itu, tapi tetap terasa Indonesia,” katanya. Unsur imajinasi digarap secara hati-hati agar berpadu dengan nuansa lokal, menghasilkan pengalaman visual yang segar sekaligus akrab bagi penonton dalam negeri.
Kisah Panji Tengkorak sendiri berakar dari komik legendaris karya Hans Jaladara yang terbit sejak 1968, lalu dihidupkan kembali melalui medium animasi dengan kekuatan baru. Ceritanya berpusat pada usaha para pendekar menghentikan perang akibat persaingan antar kerajaan besar, salah satunya Kerajaan Madyantara. Tokoh utama, Panji Tengkorak, digambarkan sebagai sosok pendekar yang ditakuti karena menguasai ilmu hitam dan menghabisi banyak nyawa yang ia anggap berdosa. Karakter ini disuarakan oleh aktor Denny Sumargo, menambah dimensi karisma sekaligus kegelapan dari sang tokoh.
Proses pembuatan film ini bukan pekerjaan ringan. Sekitar 250 seniman lokal terlibat selama lebih dari tiga tahun, mulai dari ilustrasi, animasi, hingga desain kreatif. Seluruh tenaga dan keahlian itu diarahkan untuk menciptakan karya animasi yang tidak hanya menghibur, tetapi juga membanggakan sebagai produk orisinal Indonesia. Tak hanya aspek visual, musik pun digarap serius. Lagu tema berjudul “Bunga Terakhir” ciptaan Bebi Romeo menghadirkan kolaborasi epik antara dua musisi lintas generasi, Iwan Fals dan Isyana Sarasvati, yang menambah lapisan emosional pada film ini.