Hal ini membuat sebagian besar masyarakat Indonesia langsung melayangkan protes terhadap pihak Malaysia. Masyarakat tidak terima akan perlakuan pihak Malaysia yang dinilai ceroboh dan tidak menghargai bangsa Indonesia. Megawati Soekarnoputri selaku Presiden ke-5 RI merasa bangga dengan masyarakat Indonesia yang membela negara tercinta ini.
"Di Malaysia kemarin terjadi bagaimana sampai bendera kita saja, Merah Putih yang ditampilkan trebalik. Tentu saya bangga protesnya cepat sekali," ujar Megawati. Dengan adanya protes keras dari warga negara Indonesia akibat Bendera Merah Putih terbalik menandakan jika bangsa Indonesia masih sangat mencintai simbol negara.
