2. Penanganan Konflik Papua
Kebijakan Mahfud MD dalam menangani konflik di Papua juga tidak luput dari kontroversi. Pendekatan keamanan yang ketat dan operasi militer yang dilakukan untuk menumpas kelompok separatis sering kali mendapat kritik dari aktivis hak asasi manusia. Mereka menuding bahwa pendekatan militeristik hanya memperburuk situasi dan menimbulkan penderitaan bagi warga sipil. Di sisi lain, Mahfud MD berpendapat bahwa tindakan tegas diperlukan untuk menjaga kedaulatan negara dan memulihkan keamanan di wilayah tersebut.
3. Rancangan Undang-Undang Keamanan Nasional
Mahfud MD juga mendukung rancangan undang-undang (RUU) Keamanan Nasional yang dianggap kontroversial oleh berbagai pihak. RUU ini dianggap memberikan kewenangan yang terlalu besar kepada aparat keamanan dan berpotensi mengancam kebebasan sipil. Banyak pihak mengkhawatirkan bahwa RUU ini dapat digunakan untuk membungkam kritik dan memperkuat otoritarianisme. Meskipun demikian, Mahfud MD berargumen bahwa undang-undang tersebut penting untuk memperkuat keamanan nasional dan menghadapi ancaman yang semakin kompleks.
4. Pembubaran Ormas Radikal
Kebijakan pembubaran organisasi masyarakat (ormas) yang dianggap radikal dan anti-Pancasila juga menjadi salah satu tindakan kontroversial Mahfud MD. Beberapa ormas dibubarkan dengan alasan mengancam persatuan dan kesatuan bangsa. Namun, tindakan ini mendapat kritik karena dianggap tidak memberikan ruang bagi dialog dan perbedaan pendapat. Pembubaran ormas tanpa proses pengadilan yang transparan juga dipandang sebagai bentuk pelanggaran terhadap prinsip demokrasi.