Selain itu, rumput laut juga memiliki peran penting dalam menjaga kualitas air di sekitar terumbu karang. Rumput laut mampu menyerap nutrisi berlebih dan limbah organik dalam air laut, sehingga membantu menjaga kualitas air agar tetap jernih dan bersih. Hal ini penting bagi kesehatan terumbu karang, karena air yang bersih akan mendukung pertumbuhan polip karang serta kehidupan organisme lain di sekitar terumbu karang.
Selain menjaga kualitas air, rumput laut juga berperan dalam menjaga stabilitas substrat di sekitar terumbu karang. Akar-akar rumput laut menjaga agar sedimen atau lumpur tidak terbawa oleh arus laut yang dapat mengganggu terumbu karang. Dengan demikian, rumput laut membantu menjaga kestabilan lereng dan dasar laut di sekitar terumbu karang.
Namun, sayangnya, terumbu karang dan rumput laut saat ini mengalami berbagai ancaman. Perubahan iklim, polusi, penangkapan ikan yang tidak bertanggung jawab, serta praktek destruktif seperti penambangan pasir laut dapat memberikan tekanan yang besar terhadap kedua ekosistem ini. Untuk itu, perlindungan dan konservasi terumbu karang dan rumput laut sangatlah penting.