Kendati demikian, implementasi dari jalur-jalur PPDB seringkali menimbulkan kebingungan dan ketidakselarasan dengan tujuan-tujuan yang ingin dicapai. Dalam jalur zonasi, terdapat kesalahan pemahaman terkait aturan penentuan zona, di mana banyak pihak mengasosiasikan zonasi hanya dengan jarak tempuh rumah ke sekolah, padahal zonasi dapat juga diukur dengan area zona.
Kemudian, dalam jalur afirmasi, terjadi pengabaian terhadap peserta didik berkebutuhan khusus, dengan prioritas lebih diarahkan kepada siswa dari keluarga tidak mampu secara ekonomi. Adapun dalam jalur prestasi, kekeliruan pemahaman juga terjadi akibat kurangnya transparansi dalam pengukuran dan pengumuman skor penilaian, yang berpotensi memunculkan berbagai permasalahan seperti penggunaan sertifikat akademik palsu.
