Kedua, zooplankton juga memegang peran penting dalam menjaga keseimbangan ekosistem terumbu karang. Sebagian besar zooplankton merupakan konsumen langsung dari fitoplankton. Mereka membantu mengontrol populasi fitoplankton sehingga keberadaannya tidak berlebihan yang dapat menyebabkan eutrofikasi (peningkatan nutrisi) di dalam ekosistem terumbu karang. Selain itu, zooplankton juga menjadi makanan bagi larva ikan, larva udang, dan berbagai jenis biota laut lainnya. Dengan demikian, peran zooplankton dalam menjaga keseimbangan rantai makanan di terumbu karang sangatlah krusial.
Selain itu, plankton juga berperan dalam siklus nutrisi di dalam terumbu karang. Proses fotosintesis fitoplankton menghasilkan senyawa organik dan oksigen yang menjadi kontribusi penting bagi ekosistem terumbu karang. Oksigen yang dihasilkan oleh plankton sangat dibutuhkan oleh berbagai organisme laut di dalam terumbu karang, termasuk karang itu sendiri. Tanpa plankton, ketersediaan oksigen di terumbu karang akan terganggu dan berdampak pada kelangsungan hidup berbagai jenis biota laut di dalamnya.