Pemburuan ikan berlebihan juga berpotensi mengganggu rantai makanan di dalam terumbu karang. Sebagai contoh, jika spesies ikan yang merupakan pemangsa alga menjadi langka akibat pemburuan berlebihan, maka alga akan tumbuh secara tidak terkontrol. Hal ini dapat menyebabkan pendangkalan terumbu karang akibat pertumbuhan alga yang berlebihan, dan akhirnya dapat menyebabkan matinya karang. Selain itu, penurunan populasi ikan juga akan berdampak negatif bagi pemangsa ikan tersebut, yang akan mengganggu keseimbangan ekosistem secara keseluruhan.
Selain itu, praktik pemburuan ikan yang berlebihan juga dapat merusak habitat terumbu karang secara langsung. Praktik pemburuan ikan yang menggunakan bahan peledak atau bahan kimia beracun dapat menyebabkan kerusakan fisik pada terumbu karang, serta merusak populasi organisme lain di dalamnya. Hal ini akan berdampak pada menurunnya keanekaragaman hayati di dalam terumbu karang, dan dapat menyebabkan perubahan ekosistem yang tidak diinginkan.
Untuk mengatasi masalah ini, langkah-langkah perlindungan terhadap terumbu karang dan sumber daya ikan sangatlah penting. Penguatan aturan perlindungan terumbu karang, pengawasan terhadap praktik pemburuan ikan, serta pendidikan kepada masyarakat tentang pentingnya menjaga keberlanjutan sumber daya ikan dan terumbu karang perlu dilakukan secara serius. Selain itu, pengembangan daerah konservasi laut dan kebijakan penangkapan ikan yang berkelanjutan juga perlu ditingkatkan untuk menjaga kelestarian terumbu karang.
