Berbeda dengan PBNU, PP Muhammadiyah memberikan suara dukungan terhadap kebijakan Mendikbud ini. Sekertaris Umum PP Muhammadiyah, Abdul Mu'ti menilai bahwa keputusan Mendikbud ini didasari karena kurang efektifnya sistem sekolah yang ada saat ini. Banyak siswa yang menghabiskan waktunya diluar sekolah, hal ini menimbulkan potensi masalah yang cukup serius seperti tawuran, kenakalan remaja dan masalah lainnya.
Abdul Mu'ti mengatakan bahwa dukungan terhadap kebijakan Mendikbud ini bukan karena Mendikbud adalah Pimpinan Pusat Muhammadiyah dan ingin berseberangan dengan NU.
Kepada pihak pemerintah, Muhammadiyah juga mengimbau untuk tidak gamang dalam mengambil keputusan. Segala sesuatunya bisa diatasi dengan komunikasi yang baik dan sosialisasi yang komprehensif.
