Babak kedua dimulai dengan tempo permainan yang sedang, di mana kedua tim berusaha memegang kendali dalam pertandingan. Meskipun terdapat peluang bagi kedua tim, pertahanan yang solid membuat tidak terciptanya gol hingga pertengahan babak kedua.
Pada menit ke-87, Borneo FC berhasil menambah keunggulan melalui gol kedua yang dicetak oleh Leonardo Andriel, memperbesar keunggulan tim. Sementara itu, PSBS Biak harus melanjutkan pertandingan dengan sepuluh pemain setelah Marckho Sandy mendapatkan kartu merah pada menit ke-90.
Borneo FC berhasil mempertahankan keunggulan 3-0 hingga akhir pertandingan, menunjukkan dominasi mereka atas PSBS Biak. Kemenangan ini juga menandai performa impresif Pesut Etam dalam menjaga posisi puncak klasemen.
Pertandingan ini menunjukkan dominasi yang kuat dari Borneo FC dalam mengendalikan permainan dan mencetak gol. Mereka mempertahankan performa konsisten di sepanjang musim Liga 1 2024-2025, yang akan menjadi modal kuat dalam perburuan gelar juara. Di sisi lain, PSBS Biak perlu mengevaluasi strategi dan performa tim mereka untuk memperbaiki posisi mereka dalam klasemen.