Dalam upaya pencegahan, BNPB mengimbau kepada pemerintah Kabupaten Yahukimo dan masyarakat di daerah rawan banjir untuk melakukan perbaikan dan pembangunan saluran drainase agar air hujan dapat mengalir lancar. Selain itu, reboisasi dengan menanam pohon di daerah tersebut dianggap penting untuk meningkatkan penyerapan air dan mencegah erosi. BNPB juga menekankan perlunya optimalisasi sistem peringatan dini agar tindakan pencegahan dapat segera diambil untuk meminimalisir dampak banjir.