Namun, meskipun ada banyak klaim mengenai manfaat kesehatan dari makanan organik, penting untuk dicatat bahwa tidak semua penelitian memiliki kesimpulan yang sama. Sebagian penelitian menunjukkan bahwa perbedaan nutrisi antara makanan organik dan konvensional tidak signifikan. Sebagian besar peneliti sepakat bahwa yang terpenting adalah mengonsumsi cukup buah dan sayuran, terlepas dari asalnya. Dalam hal ini, makanan organik bisa menjadi pilihan yang lebih sehat, tetapi tidak ada jaminan bahwa semua makanan organik lebih baik dari segi kesehatan.
Faktor lain yang perlu dipertimbangkan adalah cara pengolahan makanan. Makanan organik sering kali tidak melalui proses pengolahan yang sama ketatnya dengan makanan konvensional. Beberapa makanan organik yang diproses masih memiliki kandungan gula, lemak jenuh, dan aditif lainnya yang tinggi, yang tentu saja tidak sehat untuk konsumsi berlebihan. Oleh karena itu, penting untuk selalu memeriksa label dan memilih makanan organik yang tidak hanya bebas dari bahan kimia, tetapi juga minim pengolahan.
Ada pula aspek lingkungan yang mempengaruhi keputusan untuk memilih makanan organik. Praktik pertanian organik cenderung lebih ramah lingkungan karena menghindari bahan kimia berbahaya dan berfokus pada cara-cara berkelanjutan untuk meningkatkan kesuburan tanah. Hal ini bisa juga berdampak positif pada kesehatan masyarakat, karena mengurangi pencemaran air dan tanah serta menjaga keanekaragaman hayati.
