Di sisi lain, nelayan Kenya juga merasa dilecehkan oleh pasukan Uganda atas berbagai tuduhan, termasuk penangkapan ikan ilegal di perairan Uganda. Sebagai respons, pemerintah Kenya pun mengerahkan marinir ke pulau Migingo, hampir mengakibatkan pertikaian antara dua negara tersebut.
Pada akhirnya, pulau Migingo menjadi bukti betapa adanya ketidakpastian dalam penentuan kepemilikan wilayah. Sementara itu, ekspor ikan barramundi terus berlanjut ke Uni Eropa, sementara permintaan ikan tersebut juga melonjak di Asia, menjadikan pulau ini sebagai sumber ekspor yang bernilai jutaan dolarlebih.
