Kementerian PUPR telah membentuk Satgas Pelaksanaan Pembangunan Infrastruktur IKN yang bertanggung jawab dalam memastikan kelancaran proyek pembangunan infrastruktur di IKN, termasuk pasokan air minum. Saat ini, dua instalasi pengolahan air minum (IPA) sedang dibangun untuk memenuhi kebutuhan air minum di IKN.
Instalasi pengolahan air minum pertama adalah infrastruktur intake Sungai Sepaku dengan kapasitas 350 liter per detik yang didanai oleh APBN. Sementara itu, instalasi pengolahan air minum kedua terletak di Bendungan Sepaku Semoi dengan kapasitas 300-350 liter per detik, dibiayai oleh hibah dari pemerintah Korea Selatan.
Kementerian PUPR menetapkan prioritas untuk menyelesaikan pembangunan instalasi pengolahan air minum dari intake Sungai Sepaku lebih dulu sebelum lainnya. Pasalnya, keberadaan pasokan air minum yang memadai di IKN merupakan hal yang vital sebelum Ibu Kota Nusantara tersebut dapat dihuni oleh pejabat negara, termasuk Presiden Joko Widodo yang akan memindahkan kantor presiden ke sana.