Tidak hanya klaim sejarah atau agama, tetapi juga faktor politik dan kekuasaan turut memperburuk konflik seputar Masjid Al-Aqsa. Sejak kedudukan Israel di Yerusalem Timur, otoritas Israel mengendalikan akses khususnya bagi warga Palestina menuju Masjid Al-Aqsa. Pembatasan-pembatasan ini seringkali menimbulkan ketegangan dan konflik, terutama saat perayaan agama Yahudi yang cenderung meningkatkan ketegangan dengan warga Muslim di Kota Tua Yerusalem.
Di sisi lain, warga Palestina pun tak jarang menggunakan Masjid Al-Aqsa sebagai tempat untuk menyuarakan perlawanan terhadap pendudukan Israel. Demonstrasi-demonstrasi politik dan agama seringkali berujung pada bentrokan dengan aparat keamanan Israel, meningkatkan ketegangan di kawasan tersebut.
Konflik terkait Masjid Al-Aqsa juga memiliki dampak yang jauh lebih luas, tidak hanya bagi Israel dan Palestina, tetapi juga bagi seluruh umat Islam di seluruh dunia. Masjid Al-Aqsa menjadi simbol penting bagi umat Islam karena memiliki makna sejarah dan keagamaan yang sangat dalam. Konflik ini juga menimbulkan reaksi di seluruh dunia Muslim, dan seringkali menjadi pemicu bagi konflik dan kekerasan yang melibatkan negara-negara Muslim dan non-Muslim.
Di sisi lain, konflik ini juga menimbulkan perdebatan yang rumit dan kompleks di kancah politik internasional. Berbagai negara dan organisasi internasional terus berupaya untuk mediasi dan menyelesaikan konflik ini, namun hingga saat ini belum ada solusi yang dapat memuaskan kedua belah pihak.