Kualitas pengajar atau guru pendidikan agama di sekolah selama ini akan menjadi pertanyaan, apakah materi yang diberikan selama ini terhadap siswa masih belum cukup sehingga harus ada guru dari luar ( Madrasah diniyah ) yang akan dikonversikan dengan pendidikan agama di dalam sekolah.
Sisi lain, sudah siapkah masjid, pura atau gereja menjadi tempat belajar anak-anak sekolah untuk menerima pelajaran pendidikan agama.
Terlepas dari itu semua, Muhadjir menegaskan bahwa pelaksanaan sekolah dengan lima hari kerja tidak wajib bagi semua sekolah, hanya sekolah yang sudah siap saja yang akan melaksanakannya. Terkait masalah penghapusan pendidikan agama dalam sekolah, Muhadjir juga menepis anggapan bahwa pihaknya akan menghapus pendidikan agama dalam kelas. " Sama sekali tak benar anggapan bahwa saya akan menghapus pelajaran agama, yang ada pelajaran di madrasah Diniyah yang akan melengkapi " jelas Muhadjir.
