Mikroba memiliki beragam peran dalam kehidupan, salah satunya adalah dalam proses dekomposisi bahan organik. Bakteri dan fungi membantu dalam mengurai bahan-bahan organik menjadi senyawa yang lebih sederhana, yang nantinya dapat digunakan kembali oleh tanaman sebagai nutrien. Tanpa adanya mikroba, siklus kehidupan akan terganggu karena bahan-bahan organik tidak dapat terurai dengan baik.
Selain itu, mikroba juga berperan dalam bidang kesehatan. Bakteri baik dalam sistem pencernaan manusia membantu dalam proses pencernaan makanan dan mempertahankan keseimbangan mikroba di dalam usus. Namun, di sisi lain, beberapa mikroba juga dapat menyebabkan penyakit jika tidak dikendalikan dengan baik.
Selain bakteri, virus juga termasuk dalam kelompok mikroba. Virus merupakan parasit obligat, yang artinya memerlukan inang untuk dapat berkembang biak. Virus dapat menyebabkan berbagai penyakit seperti flu, HIV, Ebola, dan lain sebagainya. Karena sifatnya yang kecil dan mudah menyebar, virus sering kali memerlukan penanganan khusus dalam dunia medis.
Di sisi lain, protozoa merupakan mikroba lain yang berperan dalam ekosistem. Beberapa jenis protozoa menjadi pemangsa bagi bakteri dan alga, sehingga mengontrol populasi mikroba lainnya. Selain itu, protozoa juga berperan dalam siklus nutrien di air dan tanah.
