Selain itu, variasi dalam struktur dan jenis tanah juga mempengaruhi jumlah mikroorganisme yang dapat hidup di dalamnya. Tanah yang gembur, kaya bahan organik, dan memiliki tekstur baik biasanya menyediakan lebih banyak ruang untuk mikroorganisme bersarang dan berkembang biak. Di sisi lain, tanah yang padat dan kering mungkin memiliki lebih sedikit mikroorganisme, namun masih bisa menyimpan kehidupan mikroskopis dalam jumlah yang signifikan.
Ada juga faktor lingkungan yang berkontribusi terhadap banyaknya mikroorganisme dalam tanah. Kelembapan yang cukup, suhu yang sesuai, serta pH tanah yang seimbang menjadi penyebab yang mendorong pertumbuhan mikroorganisme. Satu sendok tanah yang diambil dari area yang kaya akan vegetasi seperti hutan atau ladang subur kemungkinan besar akan memiliki jumlah mikroorganisme yang jauh lebih banyak dibandingkan dengan tanah dari area gersang sebuah padang pasir.
Keberadaan mikroorganisme ini tidak hanya penting untuk siklus hidup tanah, tetapi juga memiliki peran kunci dalam menjaga kesehatan ekosistem secara keseluruhan. Bakteri tertentu dapat membantu mengikat nitrogen, sehingga meningkatkan kesuburan tanah. Jamur juga berperan dalam membentuk jaringan yang saling menguntungkan dengan akar tanaman, yang disebut sebagai mikoriza, membantu penyebaran nutrisi dan meningkatkan daya tahan tanaman terhadap penyakit.
