Dalam penilaian Indeks Kota Toleran tahun 2024 ini, SETARA Institute menggunakan delapan indikator kunci yang komprehensif. Indikator-indikator ini mencakup Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD), kebijakan pemerintah kota, peristiwa intoleransi, dinamika masyarakat sipil, pernyataan publik pemerintah kota, tindakan nyata pemerintah kota, heterogenitas agama, dan inklusi sosial keagamaan.
Halili juga menjelaskan bahwa penelitian Indeks Kota Toleran ini didasarkan pada sejumlah data yang diperoleh dari berbagai sumber resmi. Ini termasuk dokumen resmi pemerintah, data dari Badan Pusat Statistik (BPS), data Komnas Perempuan, data internal SETARA Institute, serta referensi dari media terpilih untuk mendapatkan gambaran yang holistik.
Selain itu, pengumpulan data juga dilakukan melalui kuesioner self-assessment yang disebarkan kepada seluruh pemerintah kota yang menjadi objek penelitian. Total ada 94 kota yang menjadi objek kajian dari 98 kota di seluruh Indonesia, dengan empat kota administrasi di DKI Jakarta digabungkan penilaiannya menjadi satu, yaitu kota DKI Jakarta.
