Selain itu, makanan fermentasi mengandung prebiotik, serat yang berfungsi sebagai makanan bagi bakteri baik dalam usus. Prebiotik dapat ditemukan dalam banyak jenis sayuran dan biji-bijian, tetapi ketika makanan ini difermentasi, mereka menjadi lebih mudah dicerna dan lebih efektif dalam menyediakan nutrisi bagi mikrobiota. Proses fermentasi juga dapat meningkatkan kadar vitamin dan mineral dalam makanan, sehingga memberikan nilai gizi yang lebih baik bagi tubuh.
Makanan fermentasi juga dapat membantu mengurangi peradangan di saluran pencernaan. Banyak gangguan pencernaan terkait dengan peradangan, yang dapat disebabkan oleh pola makan yang buruk, stres, dan faktor lingkungan. Probiotik yang terkandung dalam makanan fermentasi diketahui memiliki efek anti-inflamasi, membantu meredakan gejala gangguan pencernaan, seperti kembung dan nyeri perut. Dengan menambahkan makanan fermentasi ke dalam diet harian, kita dapat mendukung kesehatan usus yang lebih baik dan mengurangi risiko masalah pencernaan.
Selanjutnya, makanan fermentasi memiliki kemampuan untuk meningkatkan proses pencernaan. Beberapa orang mengalami intoleransi terhadap makanan tertentu, seperti laktosa dalam susu. Namun, makanan fermentasi seperti yogurt dan kefir mengandung enzim yang dapat mencerna laktosa, membuatnya lebih mudah dikonsumsi oleh individu yang mengalami intoleransi laktosa. Ini merupakan contoh nyata bagaimana makanan fermentasi meningkatkan kemampuan tubuh untuk mencerna makanan secara efektif.