Namun, meskipun memiliki banyak manfaat, serai juga memiliki efek samping yang perlu diperhatikan. Penggunaan serai dalam jumlah berlebihan, baik secara oral maupun topikal, dapat menyebabkan beberapa efek samping seperti iritasi kulit, pusing, mengantuk, mulut kering, buang air kecil berlebihan, dan peningkatan nafsu makan. Selain itu, minyak esensial serai dalam jumlah tinggi juga dapat merusak selaput lendir hati, lambung, dan mempengaruhi fungsi ginjal.
Bagi ibu hamil dan menyusui, sebaiknya hindari konsumsi air rebusan serai karena berisiko memicu komplikasi kehamilan. Untuk itu, sangat penting untuk berkonsultasi dengan dokter sebelum menggunakan serai secara teratur.