Ancaman akan kerusakan bangunan candi bukan hanya datang dari kondisi alam, melainkan beberapa kriminalitas dengan mencuri beberapa bagian candi terutama kepala arca Buddha yang dipenggal dengan cari mendorongnya sampai jatuh dan patah. Harganya yang tinggi jadi incaran para pencuri untuk dijual kepada para kolektor.
8. Tahun 1896, pemerintah Hindia Belanda menyerahkan beberapa bagian candi sebagai cendera mata Raja Thailand pada saat itu
Pada saat Raja Thailand Chulalongkorn datang mengunjungi Borobudur banyak, dia amat terpesona dengan kemegahan dan kegemilangan leluhur pulau Jawa. Pemerintah Kolonial akhirnya memberikan cendera mata berupa beberapa potongan arca dan patung yang sangat tak ternilai harganya.
9. Tahun 1980-an candi Borobudur pernah mendapatkan serangan bom yang merusak setidaknya 9 stupa
Candi Borobudur pada masa pemerintahan Indonesia ternyata juga sering mendapat ancaman, akhirnya ancaman paling mengerikan pun datang. Seorang pemimpin radikal meledakan bom dan menghancurkan stupa, stupa yang hancur tersebut pun gagal diselamatkan, pada akhirnya dia ditahan dan dipenjara atas serangkaian ancaman bom.
