Selain itu, paparan cuka sari apel secara berkelanjutan dapat menyebabkan erosi enamel gigi. Penelitian menunjukkan bahwa enamel gigi yang terendam dalam larutan cuka selama 4 jam kehilangan mineral hingga 20 persen. Menyikat gigi segera setelah minum cuka sari apel juga tidak disarankan karena dapat memperburuk kerusakan enamel gigi. Disarankan untuk menunggu setidaknya 30 menit sebelum menyikat gigi agar mulut memiliki waktu untuk menetralisir asam.
Penurunan kepadatan tulang juga menjadi risiko yang perlu diperhatikan dari konsumsi cuka sari apel setiap hari. Cuka sari apel dapat menurunkan kadar kalium dalam tubuh, sehingga berisiko menyebabkan pengeroposan tulang. Meskipun tidak ada studi terkontrol yang menunjukkan hal ini, namun terdapat laporan kasus seorang wanita berusia 28 tahun yang mengalami hipokalemia (kadar kalium rendah) dan osteoporosis dini setelah mengkonsumsi cuka sari apel secara rutin selama 6 tahun.
Kemudian, adanya luka bakar pada tenggorokan juga menjadi efek samping yang mungkin terjadi akibat konsumsi cuka sari apel. Konsumsi dalam dosis tinggi dapat memperburuk refluks asam pada penderita GERD, sehingga menyebabkan luka bakar pada esofagus karena sifat asam yang kuat dari asam asetat.
Tidak hanya itu, cuka sari apel juga dapat berinteraksi dengan obat-obatan tertentu seperti insulin, digoksin, dan diuretik. Kombinasi konsumsi cuka sari apel dengan obat-obatan tersebut dapat menyebabkan efek samping seperti penurunan kadar gula darah atau kalium yang berpotensi membahayakan kesehatan.
