Eksplorasi cerita mistis di Benteng Pendem juga menyisipkan kisah-kisah legenda laut yang ikut memberikan warna pada pengalaman wisatawan yang datang. Legenda tentang makhluk laut yang melindungi wilayah sekitar, serta peristiwa-peristiwa gaib yang terjadi di dalam lingkungan laut tersebut menjadi daya tarik tersendiri bagi para pengunjung. Keindahan bawah laut yang dikombinasikan dengan cerita-cerita legenda membuat Benteng Pendem menjadi destinasi yang menarik untuk dieksplorasi oleh para pencinta sejarah, budaya,dan cerita mistis.
Tentunya, eksplorasi cerita mistis di Benteng Pendem tidak akan lengkap tanpa pengetahuan mendalam tentang sejarah Portugis yang ada di balik pembangunannya. Pengaruh budaya Portugis yang kuat terasa dari struktur bangunan hingga nuansa arsitektur yang masih terjaga hingga saat ini. Denah benteng yang unik, bentuk bangunan, dan detail arsitektur lainnya menjadi cermin dari keberadaan Portugal di wilayah Ende pada masa lalu. Eksplorasi Benteng Pendem adalah pula perjalanan merenungi perjalanan sejarah yang membawa kita ke masa lalu dan menghadirkan nuansa berbeda bagi para pengunjung.
