Hannigan memuji Presiden Prancis Emmanuel Macron dan Kanselir Jerman Angela Merkel karena "memanggil" aktivitas negara Rusia.
"Saya pikir mulai membicarakannya dengan baik, Macron sendiri mengatakan di depan Putin, pada sebuah konferensi pers, dengan cara yang sangat mencolok, bahwa ini tidak dapat diterima," katanya.
Analisis: Gordon Correra, Koresponden Keamanan BBC
Operasi cyber Rusia menjadi isu utama saat Robert Hannigan 'menjalankan GCHQ.
Spionase cyber Rusia telah berlangsung selama bertahun-tahun, namun baru-baru ini badan intelijen Barat menyaksikan dengan waspada saat peretas yang beroperasi di luar Rusia tampaknya bersedia melakukan tindakan yang lebih agresif dan berisiko.
Salah satu tanda itu adalah pencabutan saluran TV5 Monde Prancis, dibuat agar terlihat seperti karya hacker yang terkait dengan apa yang disebut Negara Islam namun dilacak ke Rusia.
Hal ini membuat mata-mata Inggris bertanya-tanya apakah Moskow telah menguji kemampuannya yang mengganggu.
GCHQ juga yang pertama menemukan tanda-tanda bahwa Rusia telah menembus Partai Demokrat di AS, dan menginformasikan pihak berwenang di Washington.
Tapi karena operasi Rusia tampaknya menjadi lebih berani, pertanyaan telah berkembang mengenai cara terbaik untuk merespons dan mencegah aktivitas semacam itu.
Dan proses itu telah dipersulit oleh kontroversi di Washington seputar penyelidikan kemungkinan hubungan antara kampanye pemilihan Presiden AS Donald Trump dan Rusia.