Sebagai sebuah ideologi, khilafah memiliki tantangan yang signifikan untuk diterima dalam konteks politik Indonesia yang kaya akan keragaman budaya dan agama. Masyarakat Indonesia perlu berdebat secara konstruktif mengenai nilai-nilai dan prinsip yang ingin dipertahankan dalam tata kelola negara. Dialog antar berbagai pihak yang memiliki pandangan berbeda merupakan langkah penting untuk menciptakan pemahaman yang lebih mendalam mengenai peran khilafah dalam sejarah, serta relevansinya dalam wacana politik saat ini.
Dalam beberapa tahun terakhir, isu khilafah juga terkait dengan pertarungan ideologi di tingkat global, di mana kelompok-kelompok ekstremis menggunakan konsep ini untuk membenarkan tindakan mereka. Hal ini menambah kompleksitas wacana khilafah di Indonesia, di mana banyak orang berusaha untuk berpegang pada ajaran Islam yang damai dan harmonis. Di tengah berbagai tantangan yang ada, masa depan khilafah sebagai ideologi dalam politik Indonesia tetap menjadi tema yang kontroversial dan penuh nuansa.