Salah satu bahan rahasia yang sering ditambahkan untuk memberikan keunikan pada empal gentong adalah santan. Santan kental ini memberikan kekayaan rasa yang membuat kuah semakin gurih. Bukan hanya itu, santan juga memberikan tekstur yang creamy, menjadikan setiap sendok empal gentong terasa lebih nikmat di lidah. Banyak dari penjual empal gentong akan mengatur takaran santan agar tidak terlalu mendominasi rasa, menjaga keseimbangan antara daging dan kuah.
Selanjutnya, adalah faktor penyajian yang juga menjadi bagian integral dari rahasia kelezatan empal gentong. Biasanya, empal gentong disajikan dengan nasi putih hangat dan pelengkap seperti kerupuk dan sambal. Terkadang, ada tambahan bahan pelengkap lain seperti bawang goreng dan irisan jeruk nipis yang bisa melengkapi rasa hidangan ini. Cara menyajikannya dengan tampilan yang menarik dan aroma yang menggugah selera juga menjadi faktor penting dalam menarik perhatian para penikmat kuliner.
Rahasia lain dari empal gentong Cirebon yang otentik adalah proses marinating atau merendam daging. Daging yang telah dibersihkan biasanya direndam dengan bumbu tertentu sebelum dimasak. Hal ini membantu bumbu meresap sempurna, sehingga saat daging dimasak, seluruh lapisan rasa akan semakin kaya. Marinasi ini juga membantu melunakkan daging, membuatnya lebih mudah digigit dan meningkatkan pengalaman makan.