Makanan fermentasi seperti kimchi atau acar juga termasuk dalam daftar makanan yang tidak cocok dikonsumsi bersama dengan pepaya. Kandungan probiotik dalam makanan fermentasi dapat mengganggu pencernaan jika dicampur dengan enzim pepaya.
Selanjutnya, susu dan produk olahan susu juga sebaiknya tidak dikonsumsi bersamaan dengan pepaya karena kombinasi tersebut dapat menyebabkan masalah pencernaan. Enzim dalam pepaya seperti Papain dan Chymopapain dapat mengentalkan susu dan menyebabkan kembung, gas, dan kram.
Dalam hal makanan pedas, mengonsumsinya bersamaan dengan pepaya juga sebaiknya dihindari karena dapat mengiritasi lapisan lambung dan menyebabkan ketidaknyamanan pencernaan.
Makanan berlemak seperti gorengan, daging berlemak, dan saus krim juga tidak cocok dikonsumsi bersama dengan pepaya karena dapat menyebabkan ketidaknyamanan pencernaan.
Selanjutnya, telur mentah, daging merah, makanan bertepung, dan kol juga termasuk dalam daftar makanan yang sebaiknya tidak dikonsumsi bersamaan dengan pepaya karena dapat memperlambat pencernaan atau menyebabkan masalah pencernaan.