Selain cedera, membersihkan telinga dengan cotton bud juga bisa mengganggu keseimbangan bakteri alami di dalam telinga. Telinga memiliki sistem pertahanan alami yang membantu membersihkan diri dengan mengeluarkan kotoran ke luar. Namun, menggunakan cotton bud dapat mengganggu sistem ini dan memaksa kotoran untuk tertahan di dalam telinga, yang dapat menyebabkan infeksi telinga.
Menurut banyak ahli kesehatan, membersihkan telinga seharusnya tidak memerlukan alat bantu seperti cotton bud. Menggunakan cotton bud justru dapat merusak telinga dan menimbulkan masalah kesehatan yang lebih serius. Sebagai gantinya, cukup gunakan tisu atau kain lembut untuk membersihkan bagian luar telinga, dan biarkan telinga membersihkan diri dengan cara alaminya.