Di balik gemerlap karier musiknya, Daniel Johnston terus berjuang dengan kondisinya yang tidak stabil akibat bipolar. Pada satu titik, dia bahkan mengalami episode kekerasan terhadap diri sendiri dan pernah dirawat di rumah sakit jiwa. Dalam wawancara-wawancara yang dia berikan, Johnston terbuka tentang pengalamannya dengan bipolar dan berusaha untuk menghilangkan stigma yang melekat pada gangguan kesehatan mental.
Meskipun perjuangannya dengan bipolar, karya-karya Daniel Johnston tetap menjadi inspirasi bagi banyak musisi dan penggemar musik. Keterbukaannya tentang kesehatan mentalnya juga telah membantu memecah stigma seputar gangguan kesehatan mental di industri musik. Banyak musisi terkenal seperti Kurt Cobain dari Nirvana, Tom Waits, dan Beck pernah menunjukkan penghargaan terhadap karya-karya Johnston dan pengaruhnya dalam dunia musik.
Daniel Johnston meninggal dunia pada tahun 2019, namun warisannya dalam dunia musik tetap hidup. Banyak musisi yang terus terinspirasi oleh karyanya yang jujur dan autentik, sementara para pendengar merasa terhubung dengan kejujuran emosional yang diungkapkan dalam lagu-lagunya. Kisah hidupnya yang penuh perjuangan juga telah memotivasi orang lain yang hidup dengan kondisi serupa untuk tetap berani mengungkapkan diri mereka dan mengekspresikan karya mereka.