Kota Yonaguni menjadi daya tarik utama bagi para penyelam dan wisatawan yang tertarik untuk menjelajahi keindahan bawah laut serta misteri yang dihadirkannya. Selain struktur batu kuno, di sekitar situs ini juga ditemukan berbagai artefak seperti patung-patung batu dan sisa-sisa keramik kuno yang menjadi bukti adanya kehidupan manusia di lokasi tersebut.
Pendapat mengenai asal usul dan tujuan pembangunan kota Yonaguni pun beragam. Beberapa ahli berpendapat bahwa struktur batu ini mungkin merupakan bangunan situs atau keagamaan yang digunakan oleh masyarakat kuno untuk upacara-upacara keagamaan. Sementara itu, ada juga pendapat yang menyatakan bahwa struktur ini mungkin merupakan sistem pertahanan atau peninggalan dari peradaban yang telah punah.
Namun, penelitian tentang asal usul kota Yonaguni masih terus berlanjut hingga saat ini. Melalui eksplorasi bawah laut, para arkeolog berusaha untuk mengungkap misteri di balik struktur batu kuno tersebut. Mereka menggunakan teknologi canggih seperti pemetaan sonar dan pencitraan bawah air untuk mencari bukti-bukti yang dapat menunjukkan asal usul serta tujuan dari pembangunan kota tersebut.