Dalam mengimplementasikan core tax system, DJP diharapkan dapat menjalankan sistem ini dengan transparansi dan akuntabilitas yang baik. Hal ini mencakup pemantauan yang ketat terhadap penggunaan data dan informasi yang terkait dengan sistem pajak ini. Upaya ini bertujuan untuk menjaga keamanan dan privasi informasi dari Wajib Pajak dan masyarakat umum, serta mencegah potensi penyalahgunaan data yang dapat merugikan pihak-pihak terkait.
Selain itu, DJP juga harus memastikan bahwa mereka memiliki infrastruktur IT yang handal dan aman untuk mendukung operasional core tax system. Hal ini tidak hanya mencakup konektivitas yang stabil, tetapi juga perlindungan yang kuat terhadap sistem dari serangan siber dan ancaman keamanan lainnya. Pengelolaan data yang tepat dan keandalan sistem menjadi krusial dalam menjaga kepercayaan masyarakat terhadap penerapan sistem pajakbaru ini.