Di jeda pertandingan, Irak membuat dua pergantian pemain. Bashar Rasan dan Zidane Iqbal ditarik dan digantikan oleh Ali Jasim dan Youssef Amyn. Di babak kedua ini, Timnas Irak masih tampil dominan. Mereka langsung menekan Timnas Indonesia sejak awal babak kedua. Petaka datang bagi Skuat Garuda di menit ke-52 setelah Justin Hubner melakukan handsball di kotak penalti. Aymen Hussein yang ditunjuk jadi eksekutor sukses melakukan tugasnya dengan baik sehingga Irak unggul 1-0.
Tertinggal 1-0, Timnas Indonesia mencoba bangkit. Namun usaha Skuat Garuda itu semakin sulit, karena di menit ke-59 Jordi Amat membuat pelanggaran keras terhadap pemain Irak tepat di luar kotak penalti, dan wasit langsung memberikan kartu merah langsung. Bermain dengan 10 pemain, Shin Tae-yong membuat tiga pergantian pemain langsung. Ivar Jenner, Asnawi Mangkualam dan Pratama Arhan masuk menggantikan Thom Haye, Shayne Pattynama dan Sandy Walsh. Di menit ke-72, Timnas Indonesia kembali dihukum penalti. Kali ini Ernando Ari melakukan pelanggaran di kotak penalti sehingga wasit tidak ragu menunjuk titik putih. Namun beruntung, eksekusi kedua Aymen Hussein melambung tinggi di atas gawang Indonesia, sehingga kedudukan tetap 1-0 untuk keunggulan Irak.
Di menit ke-77, gawang Timnas Indonesia nyaris dibobol Ali Jasim, namun beruntung tembakannya masih mengangkasa. Satu menit berselang, Timnas Indonesia melakukan serangan balik berbahaya, namun sayang sepakan Ragnar masih bisa ditepis oleh kiper Irak. 10 menit berselang, Timnas Indonesia kebobolan lagi. Kali ini, Ernando membuat blunder saat mencoba menggocek bola di kotak penalti. Namun Ali Jassim berhasil merebut bola dan melepaskan tembakan ke gawang kosong Indonesia. Skor berubah menjadi 2-0 untuk keunggulan tim tamu. Di sisa babak kedua, Timnas Indonesia mencoba mengejar ketertinggalan, namun skor 2-0 bertahan untuk kemenangan Irak.
