Selain peningkatan infrastruktur, Anies juga mengedepankan konsep naturalisasi sungai. Program ini bertujuan untuk mengembalikan fungsi alami sungai sebagai pengendali banjir dengan cara memperbaiki ekosistemnya. Melalui naturalisasi, Anies berharap dapat memperbesar kapasitas sungai dalam menampung air hujan serta meningkatkan resapan air ke dalam tanah. Pendekatan ini tidak hanya berfokus pada aspek teknis, tetapi juga pada pelestarian lingkungan hidup di sekitar sungai.
Dalam upaya pencegahan, Anies juga mendorong pembangunan sumur resapan di berbagai titik strategis. Sumur resapan ini berfungsi untuk mengurangi limpasan air hujan ke permukaan tanah, sehingga mengurangi potensi genangan. Program ini melibatkan partisipasi aktif masyarakat dalam pembangunan dan pemeliharaan sumur resapan, yang diharapkan dapat memperkuat kesadaran akan pentingnya upaya kolektif dalam menanggulangi banjir.
Di samping itu, Anies berkolaborasi dengan pemerintah pusat dan daerah penyangga untuk mengelola aliran air yang masuk ke Jakarta. Dengan kerjasama lintas wilayah ini, diharapkan akan tercipta solusi yang lebih efektif dalam pengendalian banjir, mengingat sebagian besar air yang mengalir ke Jakarta berasal dari kawasan di sekitarnya. Anies juga menekankan pentingnya peringatan dini dan kesiapsiagaan masyarakat dalam menghadapi potensi banjir.
